微生物肥料與土壤可持續(xù)生產(chǎn)力之間是相輔相成的關(guān)系。土壤物理、化學(xué)性狀的改善都是通過微生物和有機(jī)物的共同作用來達(dá)到修復(fù)土壤目的的。具有可持續(xù)生產(chǎn)力的土壤都有較高的持水保肥能力，具有透氣性，以及較多的生物量和有機(jī)質(zhì)。這里所述的生物量除了植物生長的根系、土壤微小動(dòng)物外主要是微生物。微生物肥料施入土壤后會(huì)分解吸收有機(jī)質(zhì)，并且合成分泌大量的多糖和聚氨基酸等黏性物質(zhì)。這些黏性物質(zhì)混同土壤無機(jī)顆粒和殘存有機(jī)顆粒形成土壤的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)。團(tuán)粒結(jié)構(gòu)之間含有大量的空氣，在團(tuán)粒結(jié)構(gòu)內(nèi)部也相對疏松。

團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成破壞了細(xì)密土層中的毛細(xì)管道，減少土壤水分沿著毛細(xì)管道的蒸騰作用而造成的損失。長期使用化肥的土壤易板結(jié)，所含空氣少，水分易經(jīng)致密土層中的毛細(xì)管揮發(fā)，保水能力差，易干旱。具有團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的土壤能吸持較多的水分、空氣和肥料。由于團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的疏松性，破壞了致密土壤的毛細(xì)管，在水分蒸發(fā)時(shí)，水分不再揮發(fā)到空氣中，因此具有團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的土壤保持相對濕潤和疏松。施用微生物肥料的土壤抗旱能力強(qiáng)，遇上雨水多的季節(jié)，因?yàn)橛袡C(jī)質(zhì)豐富，微生物大量繁殖的田塊猶如泡沫塑料海綿一樣吸水能力也增強(qiáng)。

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微生物還有一種能力，即微生物將土壤中易被雨水帶走的營養(yǎng)轉(zhuǎn)化為自己的結(jié)構(gòu)成分，在作物需要時(shí)慢慢釋放。例如將無機(jī)氮肥轉(zhuǎn)化為含氮的聚氨基酸、蛋白質(zhì)、細(xì)胞中的含氮有機(jī)物等;將易流失的鉀吸收進(jìn)龐大的莢膜多糖中，在作物缺鉀時(shí)慢慢釋放;將土壤中不溶性磷慢慢轉(zhuǎn)化為可溶性磷供作物吸收。微生物在繁殖和生長過程中還合成各式各樣的含碳的低分子量的具有生物活性的物質(zhì)，這些物質(zhì)對增收和提高作物品質(zhì)的作用很大。

微生物在分解有機(jī)物的過程中產(chǎn)生大量的有機(jī)酸，對改造鹽堿地十分有利，由于有機(jī)物的分解產(chǎn)物大多是酸堿緩沖劑，它們的存在使土壤pH趨于穩(wěn)定，不因外界化肥等酸堿物質(zhì)的加入而影響pH。從而減少氮肥的揮發(fā)、磷肥的固化，節(jié)省了化肥使用量。

由于微生物不斷地分解土壤中的有機(jī)物，這個(gè)過程產(chǎn)生一定的生物能，使得土壤溫度相對比不施用生物肥料的土壤溫度要高一些，這有利于植物生長和抵御低溫。

由于微生物肥料能不斷地分解秸稈等農(nóng)業(yè)廢棄物，田間雜物少，有害的化學(xué)合 成物少，這樣的土壤保水、 保肥、保溫，又透氣，保持了土壤的可持續(xù)生產(chǎn)力。