生物有機(jī)肥本身含有豐富的有機(jī)質(zhì)和特定功能微生物，根據(jù)其特點(diǎn)能起作用的一是有機(jī)質(zhì)、二是功能菌、三是少量元素肥，所以要想提高效果,幾點(diǎn)建議以供參考：
1、要仔細(xì)了解微生物菌劑的功能與使用條件，有針對(duì)性的使用菌劑。固氮菌只能用于具固氮能力的豆科、牧草等作物，且不同作物所適用的菌種不一樣；磷細(xì)菌、硅酸鹽細(xì)菌適用緩效態(tài)磷、鉀含量豐富的土壤。
2、生物有機(jī)肥料必須深施入土，防止陽(yáng)光直接照射殺傷微生物。
3、生物有機(jī)肥料最好集中使用在作物根部，微生物在作物根系周?chē)纬捎幸嫔鷳B(tài)環(huán)境，促進(jìn)作物生長(zhǎng)。
4、生物有機(jī)肥料不宜與殺菌劑或其它農(nóng)藥混合使用，以免影響肥效。
5、微生物肥料適宜施用的時(shí)間是清晨和傍晚或無(wú)雨陰天這樣可以避免陽(yáng)光中的紫外線將微生物殺死。
6、微生物肥料應(yīng)避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時(shí)要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會(huì)受到影響，不能充分發(fā)揮其作用。
7、微生物肥料不能長(zhǎng)期泡在水中，在水田里施用應(yīng)干濕灌溉，促進(jìn)微生物活動(dòng)。以好氣性微生物為主的產(chǎn)品，則盡量不要用在水田。嚴(yán)重干旱的土壤會(huì)影響微生物的生長(zhǎng)繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%-70%。
8、微生物肥料可以單獨(dú)施用，也可以與其他肥料混合施用，但微生物肥料應(yīng)避免與未腐熟的農(nóng)家肥混用。與未腐熟的有機(jī)肥混用，會(huì)因高溫殺死微生物，影響肥效。同時(shí)也要注意避免與過(guò)酸過(guò)堿的肥料混合使用。
9、微生物肥料應(yīng)避免與農(nóng)藥同時(shí)使用，化學(xué)農(nóng)藥都會(huì)不同程度地抑制微生物的生長(zhǎng)和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過(guò)殺蟲(chóng)劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
10、微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)養(yǎng)分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
11、微生物肥料肥效的發(fā)揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數(shù)、活性大小等質(zhì)量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機(jī)質(zhì)、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應(yīng)用都應(yīng)注意合理性。
12、微生物肥料不宜久放，拆包后要及時(shí)施用，一次用完，包裝袋打開(kāi)后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。