有機棉種植者面臨勞動力問題，不得不雇用工人手動或機械除草。有機棉種植的雜草控制窗口只有兩到三天，而使用除草劑的傳統(tǒng)棉花種植需要三周。工人可能還需要檢查田間并使用有機殺蟲劑或益蟲來對付害蟲。如果不使用落葉劑，就不可能人為地確定凍結的時間，也很難預測收獲季節(jié)需要多少勞動力。

對于許多貧窮國家來說，對有機棉日益增長的需求似乎是天賜之物，因為即使是美國的有機棉種植也需要相當勞動密集型的種植，因此這些國家豐富而廉價的勞動力是他們發(fā)展有機棉的優(yōu)勢。更重要的是，這些國家的農場本質上是自然的，正如一位作家所寫的那樣，土地“太貧瘠了，不能被污染”。這些真正的有機農民從不使用化學殺蟲劑，因為他們買不起，他們不使用落葉劑，因為棉花一直是手工采摘的。

然而，同樣具有諷刺意味的是，非洲可能無法利用這個機會。雖然一些公平貿易計劃在非洲的有機棉生產中取得了成功，但土耳其是世界上有機棉的主要來源。有機認證標準由歐美制定，大多數非洲有機棉種植者難以滿足發(fā)達國家對有機農業(yè)的要求。棉農負擔不起認證費用，沒有經濟能力滿足復雜的有機認證要求，認證申請表的內容甚至讓得克薩斯州的有機棉農望而生畏，更不用說非洲棉農了。

勞動力問題和認證表格申請可能是阻礙有機棉擴大市場份額的兩大因素。