目前我國(guó)登記的生物有機(jī)肥料產(chǎn)品數(shù)量達(dá)1200多個(gè)，包括11類(lèi)產(chǎn)品，產(chǎn) 品中使用的菌種達(dá)100多種，包括細(xì)菌、真菌、放線菌等種類(lèi)。目前我國(guó)在農(nóng)業(yè)部登記的微生物菌劑產(chǎn)品分類(lèi)根瘤菌劑 固氮菌劑，溶磷菌劑，硅酸鹽菌劑光合菌劑，菌根菌劑，復(fù)合菌劑 ，土壤修復(fù)菌劑，有機(jī)物腐熟菌劑等。目前微生物功能菌在農(nóng)業(yè)上的應(yīng)用也很廣泛，主要作用有：1、提供或活化養(yǎng)分功能：生物固氮、溶磷、解鉀、鈣鎂硫元素增加養(yǎng)分的有效性，使作物能吸收更多的養(yǎng)分。2、產(chǎn)生各種活性物質(zhì)：如赤霉素、吲哚乙酸、細(xì)胞分裂素等，促進(jìn)作物生長(zhǎng)。3、土壤改良和修復(fù)，直接或間接地將土壤環(huán)境中的有毒有害物質(zhì)的濃度減少，或毒性降低，或完全無(wú)害化。4、促進(jìn)有機(jī)物料腐熟：有機(jī)物料經(jīng)過(guò)微生物的腐解，轉(zhuǎn)化形成大量?jī)?yōu)質(zhì)的有機(jī)肥料，增加土壤有機(jī)質(zhì)和土壤肥力。5、改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)：改善農(nóng)產(chǎn)品外觀指標(biāo)和內(nèi)在品質(zhì)指標(biāo)。6、增強(qiáng)作物抗逆性：抑制病蟲(chóng)害發(fā)生（病情指數(shù)降低）、抗倒伏、抗旱、抗寒及克服連作障礙。尤其是在土傳病害方面某些微生物菌劑效果也很明顯。關(guān)于微生物的代謝物也有許多成果，微生物的代謝產(chǎn)物有各種各樣的物質(zhì)，是一個(gè)比較復(fù)雜的成分，很多的化合物在里邊。目前我國(guó)在農(nóng)業(yè)農(nóng)村部登記的微生物菌代謝產(chǎn)物初級(jí)代謝產(chǎn)物指微生物通過(guò)代謝活動(dòng)所產(chǎn)生的、自身生長(zhǎng)和繁殖所必需的物質(zhì)，如氨基酸、核苷酸、多糖、脂類(lèi)、維生素等。次級(jí)代謝產(chǎn)物是指微生物生長(zhǎng)到一定階段才產(chǎn)生的化學(xué)結(jié)構(gòu)十分復(fù)雜的物質(zhì)，如抗生素、毒素、激素、色素等。不同種類(lèi)的微生物所產(chǎn)生的次級(jí)代謝產(chǎn)物不相同，它們可能積累在細(xì)胞內(nèi)，也可能排到外界環(huán)境中。其中，抗生素是一類(lèi)具有特異性抑菌和殺菌作用的有機(jī)化合物，種類(lèi)多，常用的有鏈霉素、青霉素、紅霉素和四環(huán)素等?，F(xiàn)在行業(yè)有一股共識(shí)，就是微生物菌劑里，起作用的主要是菌的代謝物。在3月份的一次特肥會(huì)議中，吳禮樹(shù)教授講，現(xiàn)在菌肥起作用主要表現(xiàn)為兩個(gè)方式：1、把菌肥施用到土壤里，讓菌在土壤里繁殖，就產(chǎn)生了代謝產(chǎn)物，這些代謝產(chǎn)物起作用，就完成了菌肥的功能。第二種模式是，不把菌施到土壤里，而是通過(guò)工業(yè)化的辦法，讓菌在發(fā)酵罐里直接產(chǎn)生代謝物，再把功能性的代謝物提出來(lái)，做成工業(yè)化的產(chǎn)品，拿來(lái)使用在農(nóng)業(yè)上。吳教授認(rèn)為，第二種辦法有很多優(yōu)勢(shì)，因?yàn)榇x物不是生命體，不用考慮菌的成活問(wèn)題，做成產(chǎn)品，拿來(lái)添加在肥料里邊，效果很穩(wěn)定，使用，運(yùn)輸都很方便。現(xiàn)在植物生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑不能加在肥料里，可以添加微生物菌的代謝物，做成功能肥料，提高肥料利用率，提質(zhì)增效，減肥減藥，這才是大勢(shì)所趨。
所以，微生物肥料一定是未來(lái)的一個(gè)方向，目前微生物肥料在我國(guó)一個(gè)巨大產(chǎn)業(yè)，我國(guó)現(xiàn)已形成了800多家生產(chǎn)企業(yè)、年產(chǎn)量達(dá)到900多萬(wàn)噸，在農(nóng)業(yè)上大量應(yīng)用。但微生物肥料行業(yè)也是有坑的，微生物肥技術(shù)要求高，尤其是菌的成活難，導(dǎo)致很多產(chǎn)品到達(dá)用戶手里，沒(méi)菌了，產(chǎn)品沒(méi)有效果，被老百姓罵成騙子，所以微生物肥料行業(yè)還是有很多技術(shù)難題要解決的。