作為一種避免使用合成化肥、殺蟲劑及轉(zhuǎn)基因生物的整體性生產(chǎn)管理系統(tǒng)，有機(jī)農(nóng)業(yè)使空氣、土壤和水污染降至最低，優(yōu)化了植物、動物和人類相互依賴社區(qū)的健康和生產(chǎn)能力。

那有機(jī)農(nóng)業(yè)具體對環(huán)境有什么好處呢？

長期可持續(xù)性

許多環(huán)境變化是長期、緩慢發(fā)生的。有機(jī)農(nóng)業(yè)考慮到農(nóng)業(yè)干預(yù)行動對農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的中長期影響。有機(jī)農(nóng)業(yè)既生產(chǎn)糧食，又建立生態(tài)平衡，防止出現(xiàn)土壤肥力問題或蟲害問題。有機(jī)農(nóng)業(yè)采取積極的措施，而不是在問題發(fā)生之后才加以處理。

土壤

有機(jī)農(nóng)業(yè)的核心是土壤養(yǎng)護(hù)方法，如輪作、間作、共生聯(lián)系、覆蓋作物、有機(jī)肥料和少耕制。這些方法鼓勵土壤動植物生長，改善土壤形成和結(jié)構(gòu)，建立更加穩(wěn)定的耕作制度。反之又增加了養(yǎng)分和能量循環(huán)，提高了土壤保持養(yǎng)分和保持水的能力，彌補了礦物肥料的空缺。

這樣的管理技術(shù)在土壤侵蝕控制中也發(fā)揮重要作用：縮短土壤暴露于侵蝕力的時間、增加土壤生物多樣性、減少養(yǎng)分損失、幫助保持和提高土壤生產(chǎn)率。作物吸收的養(yǎng)分通常由農(nóng)場的再生資源彌補，但有時需要用外界的鉀、硫、鈣、鎂和示蹤元素補充有機(jī)土壤。

水

在許多農(nóng)區(qū)，地下水受合成肥料和農(nóng)藥污染是一大問題。有機(jī)農(nóng)業(yè)禁止使用合成肥料和農(nóng)藥，代之以有機(jī)肥料（如堆肥、家畜糞便、綠肥）和利用生物多樣性（栽培的品種和長期植被），改善了土壤結(jié)構(gòu)和水的滲透。

管理良好的有機(jī)農(nóng)業(yè)保持養(yǎng)分的能力增強，大大減少了地下水被污染的風(fēng)險。在一些污染嚴(yán)重的地區(qū)，政府（如法國和德國政府）大力鼓勵轉(zhuǎn)向有機(jī)農(nóng)業(yè)，認(rèn)為這是一項恢復(fù)措施。

空氣

有機(jī)農(nóng)業(yè)通過減少對農(nóng)業(yè)化學(xué)品的需求，降低了非再生能源的使用（農(nóng)業(yè)化學(xué)品的生產(chǎn)需要大量礦物燃料）。有機(jī)農(nóng)業(yè)能夠把碳截留在土壤中，幫助了減輕溫室效應(yīng)和全球變暖。

有機(jī)農(nóng)業(yè)使用的許多管理方法（如少耕制、秸桿還田、種植覆蓋作物、輪作、更多地結(jié)合種植固氮豆科作物）使更多的碳返回土壤，提高生產(chǎn)率和有助于碳儲存。

生物多樣性

有機(jī)農(nóng)民是各級生物多樣性的保管者和使用者。在基因一級，傳統(tǒng)和改良種子和品種因抵御病害和惡劣氣候能力強而受歡迎。在品種一級，動植物的不同組合優(yōu)化了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的養(yǎng)分和能量的循環(huán)利用。

在生態(tài)系統(tǒng)一級，有機(jī)農(nóng)田保持沒有化學(xué)投入物的天然環(huán)境，為野生動物創(chuàng)造了有利的生境。頻繁使用利用不足的品種（往往為增強土壤肥力而輪種）減少了農(nóng)業(yè)生物多樣性的侵蝕，形成較為健康的基因庫--今后適應(yīng)的基礎(chǔ)。

提供食物和庇護(hù)所以及沒有農(nóng)藥吸引了新品種或重新定殖品種來到有機(jī)農(nóng)區(qū)（長期和遷移），其中包括野生植物、動物（如鳥）和有益于有機(jī)農(nóng)業(yè)的生物，如授粉者和害蟲天敵。

遺傳改變生物

在有機(jī)糧食生產(chǎn)、加工或搬運任何階段，有機(jī)系統(tǒng)不允許使用遺傳改變生物。由于人類尚未完全了解遺傳改變生物對環(huán)境和健康的潛在影響，有機(jī)農(nóng)業(yè)謹(jǐn)慎小心，鼓勵使用天然生物多樣性。

因此，有機(jī)標(biāo)簽證明在有機(jī)產(chǎn)品的生產(chǎn)和加工過程中未有意識地使用遺傳改變生物。常規(guī)產(chǎn)品不能保證這一點，因為大多數(shù)國家尚未要求含有遺傳改變生物的食品貼有關(guān)標(biāo)簽。

但是，由于常規(guī)農(nóng)業(yè)越來越多地使用遺傳改變生物和這些生物在環(huán)境中的傳播方式（如通過花粉），今后有機(jī)農(nóng)業(yè)不能保證有機(jī)產(chǎn)品完全不含遺傳改變生物。糧農(nóng)組織出版物 “遺傳改變生物、消費者、食品安全和環(huán)境” 詳細(xì)探討了遺傳改變生物。

生態(tài)服務(wù)

有機(jī)農(nóng)業(yè)對自然資源的影響有助于農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)部的相互作用；這些相互作用對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和自然資源保護(hù)都極為重要。產(chǎn)生的生態(tài)服務(wù)包括土壤形成和改良、土壤穩(wěn)定、廢物循環(huán)利用、碳截留、養(yǎng)分循環(huán)利用、掠食（害蟲）、授粉和生境。

通過選擇有機(jī)產(chǎn)品，消費者利用他們的購買力促進(jìn)了污染較少的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式，降低了農(nóng)業(yè)在環(huán)境方面隱藏的自然資源退化成本。Jules Pretty的出版物: “現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的實際成本” 更加詳細(xì)地探討了其中許多問題。